Кожа большинства пресмыкающихся лишена желез и покрыта роговыми чешуями или щитками. Череп почти полностью окостеневает и сочленяется с позвонком одним затылочным мыщелком. Для большинства групп характерно наличие многочисленных покровных костей, облекающих первичный череп сверху и с боков; в височной области эти кости более или менее редуцированы, в большинстве случаев образуя отверстия, разделенные одним или двумя височными дугами. Первый и второй шейные позвонки имеют строение, характерное для всех высших позвоночных (амниота). Конечности, если они имеются, пятипалого типа, иногда вторично преобразованные у водных форм в плавательные ласты. Ребра в большинстве случаев доходят до грудины, часто образуя грудную клетку. Сердце трехкамерное с двумя предсердиями и одним желудочком, который частично или полностью (у крокодилов) разделен перегородкой. В полушариях переднего мозга появляется серое вещество, образующее вторичный мозговой свод (неопалиум). Для эмбрионов пресмыкающихся характерно наличие зародышевых оболочек (амниона).
Современные пресмыкающиеся, насчитывающие более 6500 видов, относятся к четырем отрядам, из которых только два - черепами (Testudines) и чешуйчатые (Squamata) - представлены в фауне СССР.