Брюхоногие в восточной половине залива почти совершенно отсутствуют. Лужанка и другие пресноводные улитки не выходят за пределы дельты Дона или полосы предустьевых зарослей. Лишь со стороны моря в западные, наиболее осолоненные, части залива в небольшом количестве проникает очень мелкая (до 2-3 мм) морская улитка Hydrobia ventrosa с крепкой заостренной раковинкой коричневатого цвета.
Двустворчатые гораздо многочисленнее брюхоногих. Предустьевой район залива характеризуется массовым развитием реликтового двустворчатого Monodacna colorata. Monodacna составляет в этом районе основную часть бентоса и часто встречается в количестве нескольких тысяч особей на 1 кв. м (см. рис. 18). В предустьевом районе широко распространена и дрейссена, а также встречаются и униониды.
В солоноватую область залива дрейссена и униониды почти не проникают, если "не считать единичных нахождений их у северных кос залива (К. Беглицкая и др.). Monodacna, напротив, в больших количествах распространена и по солоноватой зоне. Здесь она придерживается илисто-песчаных грунтов мелководных районов и по направлению к западу с повышением солености постепенно уменьшается в числе. В Западную половину залива Monodacna заходит лишь единицами.
Из настоящих морских двустворчатых в Восточной половине залива лишь изредка попадаются Cardium edule и Syndesmya ovata, но и то лишь в самых западных районах (косы Сазальницкая, Кривая). Syndesmya имеет сплющенную с боков, белую, очень хрупкую раковинку с гладкой поверхностью, длиной до 2 см. Cardium, или "сердцевидка", на первый взгляд очень похож на Monodacna, но отличается от нее меньшими размерами (до 7 см) и очень выпуклыми створками, которые благодаря своей прочности прекрасно сохраняются очень долгое время. Пустые створки Cardium, населявшего в прежние эпохи, повидимому, весь Таганрогский залив, в огромных количествах встречаются по всему побережью залива, а в полуископаемом виде попадаются и на ракушечных отмелях Дона.